回原版的成熟剧路线，哥斯拉的形象也舍弃了昭和时期的正义使者路线，重新回到破坏者和人类无法战胜的“移动天灾”形象。
平成哥斯拉在外形上更加向恐龙靠拢，具有一种威严的钝重感，随着电影技术的提升，它的动作更加自然流畅，身高也从原来的50米长高到80米，后来更是达到了100米，背鳍数量增加，尾巴环数变为25个，原子吐息的威力也更加巨大。
此外，其设定也变得更加写实，比如，它对候鸟的超低音频会有共鸣，腰部有被称作“第二脑”的神经节，会用杜鹃鸟借巢的方式进行繁殖，这些富于真实感的设定颇受好评，而它以核能放射线为食、为觅食而袭击核动力潜艇与核电厂等情节也蕴含了对人类文明发展的反思。
这个时期的哥斯拉是一个反英雄式的角色，在无情破坏人类建设成果的同时，也在和其他各种怪兽战斗，从宇宙三头龙到会分裂的氧气怪兽，无奇不有，演绎了一次又一次的怪兽传奇，多次间接地拯救了地球。
到了1995年，平成哥斯拉的最后一部作品《世纪必杀阵》问世，片中的哥斯拉因体内的核反应堆失衡进入了暴走状态，变成了红莲哥斯拉，全身散发着超过1000摄氏度以上的高温，能使周围的海水瞬间沸腾，眼睛和背鳍也变成红色，胸口火焰燃烧般的条纹蔓延至全身，能让人感觉到它无限的愤怒，电影的最后，它因为自身能量失控而死去。东宝公司本想将该片作为哥斯拉系列的完结之作，但没想到的是，仅仅3年之后，哥斯拉又会卷土重来。
1998年的好莱坞版哥斯拉看上去更像恐龙，不如之后的动画版受欢迎▌98版哥斯拉身高：5
序章3 哥斯拉(3/9)